Opus Deis prelat utnevnes av paven etter at en person er valgt etter den prosedyre som prelaturets statutter angir: de forutsetter at prelaturets medlemmer uttaler seg om hvilken prest som passer best for dette.

Etterpå kan paven be prelaten om å ta imot bispevielse, noe som i og for seg ikke er nødvendig, men som likevel stemmer godt overens med hans hierarkiske oppdrag som hyrde. Dette har skjedd med de to første prelatene, msgr. Álvaro del Portillo og msgr. Javier Echevarría.